左下角自定义箭头坐标轴 (批量添加和美化)

Original JunJunLab 老俊俊的生信笔记 2022-08-27

收录于合集 #单细胞笔记 21个

我要一台蓝色大大的飞机

1引言

前面讲到如何在 UMAP/t-SNE 聚类图左下角添加箭头坐标轴给了个示例,见 UMAP/t-SNE 左下角自定义箭头坐标轴。

DimPlot 有时候经常会有多个样本整合分析,需要绘制多个这样的图形。
可视化多个基因的 FeaturePlot 如何添加?

再用上次推文的函数一个一个画那就太麻烦了,当然写个循环也不是不可以。这次重新改写函数,使其可以用于多个样本的 DimPlot 和多个基因的 FeaturePlot。

此外在 Y 叔 的批评指导下, 靠近 最少墨水原则, 我们可以在多个分组图的左下角只需要添加一个坐标轴即可,简化过多的坐标轴干扰。

2加载数据

这里提取 4 个数据进行测试:

library(patchwork)
library(Seurat)
library(ggplot2)
library(data.table)
library(tidyverse)
library(ggsci)
library(patchwork)
library(reshape2)

# load rds
sce <- readRDS('ythdf123_final.rds')

unique(sce$orig.ident)
# [1] ST1  ST2  ST3  ST4  ST5  ST6  ST7  ST8  SPG1 SPG2 SPG3 INT1 INT2 INT3 INT4 INT5
# [17] SER1 SER2 SER3 SER4 SER5 SER6 SER7 SER8 INT6
# 25 Levels: INT1 INT2 INT3 INT4 INT5 INT6 SER1 SER2 SER3 SER4 SER5 SER6 SER7 ... ST8

# subset data
tmp <- subset(x = sce,subset = orig.ident == c('ST1','ST2','ST3','ST4'))

unique(tmp$orig.ident)
# [1] ST1  SPG1 INT1 SER1
# 25 Levels: INT1 INT2 INT3 INT4 INT5 INT6 SER1 SER2 SER3 SER4 SER5 SER6 SER7 ... ST8

默认的 Dimplot:

# dimplot
# umap
DimPlot(tmp, reduction = "umap",split.by = 'orig.ident') +
  NoLegend()

或者 tsne:

# tsne
DimPlot(tmp, reduction = "tsne",split.by = 'orig.ident') +
  NoLegend()

默认的 FeaturePlot:

# FeaturePlot
FeaturePlot(object = tmp,features = c("Actb","Ythdc1", "Ythdf2"),
            split.by = 'orig.ident')

3Dimplot 美化

定义函数:

# define function
AddCornerAxes <- function(object,reduction = 'umap',nrow = 1,
                          relLength = 0.3,relDist = 0.07,
                          axes = 'mul',legendPos = 'right',
                          lineTextcol = 'black'){...}

参数解释:

object: seurat 对象名称。
reduction: 降维类型。
relLength: 坐标轴线的相对长度。
relDist: 轴标签离轴的距离。
nrow: 图的行数。
axes: 左下角的坐标轴类型,mul为每个子图都添加,one则第一个图添加。
lineTextcol: 坐标轴字体和线的颜色。
legendPos: 图例的位置。

默认测试:

# test plot
# umap
AddCornerAxes(object = tmp,reduction = 'umap',
              nrow = 1,legendPos = 'right',
              relLength = 0.5,relDist = 0.15)

改变线的颜色:

# line color
AddCornerAxes(object = tmp,reduction = 'umap',
              nrow = 1,legendPos = 'right',
              relLength = 0.5,relDist = 0.15,
              lineTextcol = 'grey50')

只添加一个坐标轴:

# one axes
AddCornerAxes(object = tmp,reduction = 'umap',
              nrow = 1,legendPos = 'right',
              relLength = 0.5,relDist = 0.15,
              axes = 'one')

tsne,绘制两行:

# tsne
AddCornerAxes(object = tmp,reduction = 'tsne',
              nrow = 2,legendPos = 'right',
              relLength = 0.5,relDist = 0.15)

tsne 一行,一个坐标轴:

# one axes
AddCornerAxes(object = tmp,reduction = 'tsne',
              nrow = 1,legendPos = 'right',
              relLength = 0.5,relDist = 0.15,
              axes = 'one')

4FeaturePlot enhanced

定义函数:

# define function
FeatureCornerAxes <- function(object,reduction = 'umap',features,
                          relLength = 0.3,relDist = 0.07,
                          low = 'lightgrey',high = 'red',
                          axes = 'mul',legendPos = 'right',
                          RowSample = 1,ColGene = 1,
                          lineTextcol = 'black'){...}

参数解释:

参数大部分和上面差不多:

features: 绘制的基因名。
low/high: 点的颜色。
RowSample: 按样本绘图的行数。
ColGene: 按基因绘图的行数。

测试:

# test plot
# umap
FeatureCornerAxes(object = tmp,reduction = 'umap',
                  legendPos = 'right',
                  features = c("Actb","Ythdc1", "Ythdf2"),
                  relLength = 0.5,relDist = 0.15,
                  RowSample = 1,ColGene = 1)

轴线颜色:

# line color
FeatureCornerAxes(object = tmp,reduction = 'umap',
                  legendPos = 'right',
                  features = c("Actb","Ythdc1", "Ythdf2"),
                  relLength = 0.5,relDist = 0.15,
                  RowSample = 1,ColGene = 1,
                  lineTextcol = 'grey50')

保留一个轴:

# one axes
FeatureCornerAxes(object = tmp,reduction = 'umap',
                  legendPos = 'right',
                  features = c("Actb","Ythdc1", "Ythdf2"),
                  relLength = 0.5,relDist = 0.15,
                  RowSample = 1,ColGene = 1,
                  axes = 'one')

tsne 的一个轴,改变点颜色:

# one axes
FeatureCornerAxes(object = tmp,reduction = 'tsne',
                  legendPos = 'right',
                  features = c("Actb","Ythdc1", "Ythdf2"),
                  relLength = 0.5,relDist = 0.15,
                  RowSample = 1,ColGene = 1,
                  high = '#009966',
                  axes = 'one')